为促进粤港合作，广东省和香港特别行政区自1998年起，每年一次、轮流在广州和香港，由广东省常务副省长与香港特区政务司司长共同主持召开两地政府联席会议，商讨双方间合作的有关事宜。为适应粤港合作发展的需要，自2003年起，粤港联席会议升格为两地行政首长共同主持。粤港合作机制主要包括以下内容：
一、建立由双方行政首脑直接领导的粤港合作联席会议。下设“粤港合作联席会议联络办公室”，粤方由常务副省长负责，港方由政务司司长担任联络办公室主任。粤港合作联席会议下设立若干专责小组（目前设有19个专责小组），负责对各专题合作项目的研究、跟进和落实。
二、设立“粤港发展策略协调小组”，就粤港经贸发展的广泛领域分课题进行合作研究，其成果经联络办公室协调衔接后提交联席会议讨论决策。
三、建立民间合作研讨机制。成立两地企业、行业和商会之间进行经常性研讨的机构，不定期举办各种研讨会、展览会、信息交流会，建立信息网络，配合政府推动两地经贸合作多层次、全方位发展。
截至2006年，粤港联席会议已经举行了九届。粤港双方按照“一国两制”的方针，坚持“前瞻、全局、务实、互利”的原则，推动两地合作取得长足发展。
2006年8月，广东省黄华华省长和香港特区曾荫权行政长官共同在广州主持召开粤港联席会议第九次会议。双方围绕广东省“十一五”规划，探讨了进一步发展两地合作的指导思想、原则、思路和措施，就港珠澳大桥等跨界基建、物流和口岸、环境保护、贸易投资、卫生和食物安全、科技、文化、教育、体育及其他领域的具体合作项目达成广泛共识。
